Facture auto-entrepreneur : obligations légales et bonnes pratiques en 2025

Pour tout professionnel exerçant sous le régime de la micro-entreprise, l’émission de factures est une obligation fondamentale. Dès le premier euro facturé à un client professionnel, la facture auto-entrepreneur devient un document juridique et fiscal incontournable. Elle constitue à la fois la preuve d’une opération commerciale, un justificatif comptable et un support de recouvrement en cas d’impayé. En 2023, plus de 2,3 millions de micro-entrepreneurs ont déclaré un chiffre d’affaires selon les données de l’Urssaf. Pourtant, une part non négligeable commet encore des erreurs dans la rédaction de leurs factures, parfois en méconnaissance des règles. Cet article propose un tour d’horizon complet sur la facture auto-entrepreneur, ses mentions obligatoires, ses spécificités et ses enjeux juridiques.

La facture auto-entrepreneur : une obligation légale

La facture auto-entrepreneur est obligatoire dans deux cas principaux :

• Pour toute vente ou prestation à un client professionnel ;

• Sur demande expresse d’un particulier, ou en cas de vente à distance.

Conformément à l’article L441-9 du Code de commerce, la facture doit être émise dès la réalisation de la vente ou de la prestation. Elle doit être conservée pendant 10 ans (article L123-22 du Code de commerce), que ce soit au format papier ou numérique.

Même si la micro-entreprise bénéficie d’une comptabilité simplifiée, elle n’est pas dispensée de ces obligations. Une facture mal établie ou incomplète peut entraîner une amende de 15 € par mention manquante ou inexacte (article 1737 du Code général des impôts), plafonnée à 25 % du montant total facturé.

Les mentions obligatoires sur une facture auto-entrepreneur

Pour être conforme, une facture auto-entrepreneur doit comporter un certain nombre de mentions légales. Ces éléments permettent d’assurer la transparence vis-à-vis du client et de l’administration fiscale. Voici les principales informations à faire figurer :

• La mention « Facture », son numéro unique et sa date d’émission ;

• L’identité du vendeur : nom, prénom, adresse, numéro SIREN/SIRET ;

• L’identité du client (nom, adresse, et le cas échéant, numéro de TVA) ;

• Le détail des biens ou prestations, avec les prix unitaires et quantités ;

• Le montant total hors taxes (HT) et toutes réductions accordées ;

• La mention d’exonération de TVA, par exemple : « TVA non applicable, article 293 B du CGI » ;

• Les conditions de règlement, de pénalité de retard et d’escompte éventuel.

Depuis 2019, les factures doivent également mentionner l’adresse de livraison (si différente de l’adresse de facturation) et l’identifiant de l’auto-entreprise si le professionnel agit dans le cadre d’un marché public.

Cas particulier : facture avec ou sans TVA

Un auto-entrepreneur bénéficie par défaut du régime de la franchise en base de TVA, ce qui signifie qu’il ne facture pas la TVA à ses clients, tant qu’il ne dépasse pas certains seuils (91 900 € pour la vente de biens, 39 100 € pour les prestations de services en 2025).

Cependant, si ces seuils sont franchis, il doit facturer la TVA et s’immatriculer à cet effet. Cela implique une modification des mentions obligatoires sur la facture auto-entrepreneur, ainsi que le respect des règles de déclaration de TVA (mensuelle ou trimestrielle).

Format, numérotation et conservation

La facture auto-entrepreneur peut être établie au format papier ou numérique, à condition de garantir son intégrité (PDF signé, logiciel certifié, etc.). Depuis l’ordonnance n° 2021-1190, la facturation électronique deviendra progressivement obligatoire à partir de 2026 pour toutes les entreprises, y compris les micro-entrepreneurs.

En matière de numérotation, les factures doivent suivre une séquence chronologique et continue, sans trou ni doublon. Une double numérotation par année (ex. : FACT-2025-001) est admise, à condition d’être cohérente et homogène.

Factures en micro-entreprise : les questions fréquentes

Peut-on émettre une facture sans numéro de SIRET ?
Non. L’administration fiscale interdit toute facturation avant l’obtention officielle du numéro SIRET. Il est donc impératif d’attendre l’immatriculation avant d’émettre une facture auto-entrepreneur.

Doit-on facturer les particuliers ?
Oui, si le particulier en fait la demande ou si la prestation entre dans le cadre d’une vente à distance. Dans tous les cas, la facture auto-entrepreneur reste un document fondamental pour tracer l’activité.

Peut-on modifier une facture déjà envoyée ?
Non, une facture ne peut jamais être supprimée ou altérée. En cas d’erreur, il faut émettre un avoir rectificatif qui annule tout ou partie de la facture initiale. Cet avoir doit être conservé avec la facture d’origine.

Conservation des factures : que dit la loi pour les auto-entrepreneurs ?

La conservation des factures en micro-entreprise obéit à plusieurs cadres réglementaires. Selon l’article L.102 B du Livre des procédures fiscales, les factures doivent être conservées pendant 6 ans minimum à compter de leur date d’établissement. Cette obligation vise à permettre les contrôles de l’administration fiscale.

Par ailleurs, l’article L441-9 du Code de commerce impose également la conservation des factures émises et reçues dans le cadre d’activités commerciales. Toutefois, un autre texte renforce cette exigence : l’article L.123-22 du Code de commerce stipule que « les documents comptables et les pièces justificatives sont conservés pendant dix ans ».

En pratique, il est donc recommandé à tout micro-entrepreneur de conserver ses factures auto-entrepreneur pendant 10 ans, notamment en cas de contentieux, de contrôle fiscal ou de vérification de comptabilité. Ce délai s’applique quel que soit le support utilisé (papier ou numérique), à condition que les factures soient lisibles, accessibles et non modifiables.

Quels outils pour émettre une facture auto-entrepreneur fiable ?

Il est conseillé d’utiliser un logiciel de facturation conforme (ex. : Freebe, Henrri, Tiime, etc.), notamment pour respecter la numérotation automatique et centraliser les données clients. Ces outils permettent également d’archiver les factures et de générer automatiquement les mentions obligatoires.

Le recours à un tableur Excel est autorisé, mais il comporte plus de risques d’erreur ou de non-conformité, surtout en cas de contrôle.

Sanctions en cas de manquement

En plus de l’amende de 15 € par mention manquante, les erreurs ou absences de facturation peuvent entraîner :

• Une requalification du chiffre d’affaires en cas de contrôle fiscal ;

• Des difficultés pour faire valoir un droit au paiement ;

• Une mise en cause de la responsabilité du professionnel (notamment en cas de litige commercial).

Il est donc essentiel de porter une attention rigoureuse à la rédaction de chaque facture auto-entrepreneur.

Conclusion : la facture, un outil juridique à part entière

Bien plus qu’un simple document administratif, la facture auto-entrepreneur constitue un acte juridique et fiscal. Elle structure la relation commerciale, protège en cas de litige, et conditionne la conformité du statut. Son établissement ne doit jamais être improvisé. Pour éviter toute erreur, il est souvent utile de se former ou de se faire accompagner, surtout lors du démarrage de l’activité.